栉孔扇贝EST-SNP标记开发及多态性分析

作者：李纪勤; 包振民; 李玲; 胡晓丽

来源：中国海洋大学学报(自然科学版), 2013, (01): 56-63.

DOI：10.16441/j.cnki.hdxb.2013.01.008

• 栉孔扇贝
• 单核苷酸多态性
• 表达序列标签
• 高分辨率熔解曲线 Chlamys farreri
• single nucleotide polymorphism
• expressed sequence tag
• high resolution melting

EST(表达序列标签)数据库发掘是单核苷酸多态性标记(SNP)开发的重要途径。本研究利用栉孔扇贝转录组测序数据进行SNP筛选,在含有4条EST以上的18 780条contig(拼接序列)中,共获得21 813个候选SNP位点。利用高分辨率熔解曲线结合非标记探针技术,对其中90个位点在4个野生群体中进行了位点多态性检测。得到33个(36.7%)具有二等位基因位点,并对其中26个位点进行了功能注释。进一步的标记验证显示,33个多态位点在青岛野生群体的48个个体中均成功分型,其观测杂合度Ho和期望杂合度He的分布范围分别为0.062 5～0.744 7和0.099 8～0.504 6,其中5个位点偏...

• 单位
  中国海洋大学