紫苏叶绿体全基因组特征分析

作者：梁璇; 李鹏; 许冬梅; 贾小云; 王文斌^*

来源：山西农业科学, 2021, 49(03): 265-272.

• 紫苏
• 叶绿体基因组
• 重复序列
• SSR
• 密码子偏好性
• RNA编辑

为解析紫苏的叶绿体全基因组结构和功能,研究采用REPuter、MISA、Codon W和Prep-Cp软件分析了紫苏叶绿体基因组的重复序列、SSR位点和密码子偏好性,并对RNA编辑位点进行了预测。结果显示,对紫苏叶绿体基因组中大于300 bp的59条CDS序列检测分析得到60个重复序列,多以F和P形式存在,且主要分布于LSC区和IRA区,与光合作用和r RNA编码有关;44个SSR位点主要分布于IGS区,其中,单碱基重复序列占比最多,为63.64%;由相对同义密码子使用度(RSCU)确定了31个高频密码子,以A、U结尾的29个,其中,亮氨酸(Leu)的使用频率最高,半胱氨酸(Cys)的使用频率最低;平均有效密码子数(ENC)为49.97,表明其密码子偏好性较弱。对88个蛋白编码序列预测结果显示,分布于16个基因的37个RNA编辑位点均发生于密码子的前2位碱基,且转化均为C→U,主要由亲水性氨基酸转变为疏水性氨基酸。研究结果可为紫苏的系统发育、品种鉴定和叶绿体基因工程研究提供理论基础。

• 单位
  生命科学学院; 山西农业大学