肝癌相关差异表达基因的生物信息学分析

作者：白文萱; 高健; 钱程; 张献全^*

来源：中华肝脏病杂志, 2017, 25(06): 435-439.

• 肝肿瘤
• 差异表达基因
• 免疫治疗靶点

目的通过生物信息学方法分析肝癌发生相关差异表达基因, 筛选肝癌早期诊断的分子标志物和免疫治疗的潜在分子靶点。方法从公共基因表达数据库(GEO)下载肝癌相关芯片数据, 应用JMP软件进行GSE数据集相关性分析, 使用R语言中的Limma程序筛选差异表达基因, 并对差异表达基因进行Gene Ontology(GO)功能富集分析、KEGG通路分析及蛋白相互作用调控网络构建。同时联合TCGA数据库中其他肿瘤RNA-seq转录组数据进行肝癌特异性表达分析, 进一步筛选肝癌特异差异表达基因, 并进行肝癌患者生存曲线分析。结果筛选出共有差异基因92个, 其中上调基因21个, 下调基因71个。通过GO、KEGG及蛋白相互作用网络分析, RNA-seq数据验证发现, 仅有磷脂酰肌醇蛋白聚糖3(GPC3)在肝癌中表达上调, MBL2、SDS、SLCO1B3、TDO2、SAA4、SPP2在肝癌中特异性表达下调。结论 GPC3可作为肝癌特异性的免疫治疗靶点, 其他分子标志物有望成为肝癌早期检测的分子标志物和免疫治疗的潜在治疗靶标。

• 单位
  第三军医大学西南医院; 重庆医科大学附属第二医院