印尼虎鱼RAD-seq数据中微卫星标记的初步筛选及特征分析

作者：屈政委; 宋红梅; 汪学杰; 刘奕; 牟希东; 刘超; 胡隐昌

来源：淡水渔业, 2019, (04): 9-15.

DOI：10.13721/j.cnki.dsyy.2019.04.002

• 印尼虎鱼(Datnioides pulcher)
• RAD-seq
• 微卫星 Datnioides Pulcher
• RAD-seq
• simple sequence repeats

采用RAD-seq(Restriction-site associated DNA sequencing)对印尼虎鱼(Datnioides pulcher)进行简化基因组测序,获得13 308 806个高质量干净读长(HQ clean reads),利用SSR搜索软件在所得序列中共检测到26 359个SSR位点,由496种重复基序组成,主要分布在三、四、五碱基重复类型中,单碱基重复序列中最多的类型为A/T,二碱基重复序列中以AC/GT和AG/GT重复单元为主,三碱基重复序列中以AGG/CCT、AGC/CTG、AGG/CCT为优势类型;在数量上,二碱基重复类型SSR位点最多(19 492个),占...

• 单位
  中国水产科学研究院珠江水产研究所; 上海海洋大学