厚壳红瘤果茶叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析

作者：肖旭; 赵紫涵; 陆江桃; 杨国园; 李志^*

来源：种子, 2022, 41(12): 19-26.

DOI：10.16590/j.cnki.1001-4705.2022.12.019

• 厚壳红瘤果茶
• 叶绿体基因组
• 密码子偏好性
• 最优密码子

为探究厚壳红瘤果茶的叶绿体基因组功能结构及密码子使用偏好性，利用CodonW、CUSP和CHIP等软件筛选出了57条蛋白编码序列，进行中性绘图分析、ENC-plot和PR 2-plot分析。结果表明，厚壳红瘤果茶叶绿体基因组全长157 044 bp,呈四段式结构，序列已登记GenBank(MN 913340);注释得到136个基因，其中包括83个蛋白编码基因，45个tRNA基因和8个rRNA基因。GC平均含量为38.04%,有效密码子数量在35.64～56.67之间，平均值为46.44,密码子偏好性较弱；且RSCU>1的32个密码子中，有28个密码子以A或U碱基结尾，证明叶绿体基因组偏好使用A或U结尾的密码子；中性绘图分析、ENC-plot分析以及PR 2-plot偏倚分析结果都证明，自然选择是密码子偏好性的重要影响因素，且筛选得到12个最优密码子(UUG、UCU、UCC、UCA、CCC、CCA、ACC、ACA、AGG、GAU、GGA、AUA)。本研究为在分子水平上研究山茶属植物的系统进化提供了相应的数据支持。

• 单位
  贵州大学