针对喷水推进器模型复杂非线性约束下的推力分配问题，提出了一种区域二次规划方法。将喷水推进器纵向推力的瞬时反向特性视作为动态可行域的空间不完全对称变化，根据预求解的结果和所设计的区域分配逻辑，得到局部可行的初值和更为准确的求解可行域并保持其凸性，结合组合偏置优化求解算法最终可以得到满足船舶作业需求的最优分配结果。以一艘装配喷水推进器的动力定位船舶为研究对象进行了仿真验证，结果表明：该算法能够有效地实现推力分配，并且相较于传统迭代优化分配算法，求解精度和收敛速度都得到了较大的提升。
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