生态环境公益诉讼损害赔偿资金在实践中出现多头管理、使用效率低下、后续监督乏力等情形,影响生态环境公益诉讼实效。应加强顶层设计、强化部门联动配合、完善配套制度,推动建立全国统一的环境公益诉讼损害赔偿资金管理制度,促进生态环境公益诉讼损害赔偿资金的科学管理与高效使用。