基于分子对接技术的抗新型冠状病毒三叶青化合物虚拟筛选

作者：王芙蓉; 王娟; 陈泽南; 刘兆玺; 周爱珍; 彭昕

来源：生命的化学, 2022, 41(05): 1068-1081.

• 分子对接
• 三叶青
• 新型冠状病毒
• 3CLpro
• ACE2

利用分子对接技术探索三叶青中对新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus2,SARS-CoV-2)有潜在抑制作用的活性化合物。通过检索国内外文献,搜集到162个三叶青化合物,同时与瑞德西韦、利托那韦和奈非那韦3个化学药建立配体库,并以3CL水解酶蛋白(3C-like protease protein, 3CLpro)、ACE2(angiotensin-converting enzyme 2)和SARS Mpro(severe acute respiratory syndrome main protein)为受体,采用Vina软件从三叶青中筛选出与3个靶蛋白有较好亲和作用的活性化合物。通过分子对接筛选出与3CLpro有较好亲和作用的化合物9个,与ACE2作用的化合物30个,与SARS Mpro作用的化合物11个。这些化合物与化药的结合能相当,它们主要属于黄酮、酚酸和二苯乙烯苷类化合物。上述化合物中Vitexin 2''-O-arabinofuranoside对3种蛋白质均有较好的亲和作用,亦有13个化合物可同时作用于2个不同的靶蛋白。采用PyMoL和LigPlot软件分析化合物与靶蛋白的结合模式及相互作用的氨基酸,发现所有化合物均可进入3个靶蛋白的活性中心,化合物结构中的羟基和羰基与活性中心的氨基酸形成了氢键作用和疏水作用。结果表明,推测三叶青中的黄酮、酚酸和二苯乙烯苷等三种类型的14个化合物可通过同时结合作用病毒的2或3个靶蛋白,从而可能发挥抗SARS-CoV-2感染作用。

• 单位
  浙江大学; 浙江医药高等专科学校