广益黑猪繁殖性状的全基因组关联分析

作者：朱吉; 任慧波; 吴发平; 崔清明; 刘莹莹; 邓缘; 李华丽; 胡雄贵; 左剑波; 邹亿文; 陈晨^*; 彭英林

来源：湖南农业大学学报(自然科学版), 2023, 49(04): 453-460.

DOI：10.13331/j.cnki.jhau.2023.04.012

• 广益黑猪
• 繁殖性状
• 全基因组关联分析
• SNP
• 候选基因

选取441头广益黑猪经产母猪为研究对象，利用猪50KSNP芯片对猪耳组织DNA进行基因型分型，PLINK 1.9质控后，采用GMAT中的重复力模型进行猪繁殖性状相关的全基因组关联分析，确定显著位点。结果表明：441头经产广益黑猪母猪的耳组织DNA基因分型共获得50 898个SNPs，经质控剩余46 165个SNPs位点用于关联分析；平均亲缘关系系数为–0.0022，平均亲缘关系较远，不存在明显的群体分层；总产仔数性状有1个SNP在全基因组范围内达到显著相关，4个SNPs达到潜在显著关联，候选基因包括PIK3C3、ENSSSCG00000003753、MAP3K3、DCAF7；产活仔数性状有6个SNPs潜在显著关联，候选基因包括ZNF585A、ENSSSCG00000022411、ZNF784、ENSSSCG00000029007、PigE–108A11.5、PigE–108A11.3、ENSSSCG00000023343；弱仔性状有1个SNP达潜在显著关联，候选基因包括KRTAP7–1和TIAM1；经基因功能分析推测，PIK3C3、MAP3K3可能是影响猪总产仔数的候选基因。

• 单位
  湖南省畜牧兽医研究所