西伯利亚杏PsSOC1-like基因密码子偏好性与进化分析

作者：蔺悦; 陈俊兴; 红梅; 陈一潇; 徐宛玉; 张雅茜; 包福海; 乌云塔娜; 王淋^*; 包文泉^*

来源：内蒙古农业大学学报(自然科学版), 2023, 44(01): 13-25.

DOI：10.16853/j.cnki.1009-3575.2023.01.003

• 西伯利亚杏
• PsSOC1
• 密码子偏好性
• 进化分析
• 异源表达

对西伯利亚杏PsSOC1-like基因密码子偏好性进行分析，为PsSOC1-like基因的功能验证及完善其遗传转化体系提供理论依据。研究利用CondoW、SPSS27、Origin64等软件及EMBOSS在线程序分析PsSOC1-like密码子偏好性，对不同物种SOC1基因密码子进行聚类分析、中性绘图、ENc绘图和PR2分析，推测SOC1基因密码子偏好性形成的影响因素，比较PsSOC1与模式生物的密码子使用频率，确定最佳异源表达转化受体及表达载体。PsSOC1-like密码子中GC、GC3、ENc和CAI均值分别为45.50%、48.07%、54.01和0.18,PsSOC1-1密码子偏好性较强的有21个（RSCU>1），其中13个以A/T结尾；PsSOC1-2密码子偏好性较强的有26个，以A/T结尾的有14个；PsSOC1-3密码子偏好性较强的有26个，18个以A/T结尾。进化分析及RSCU聚类分析表明，PsSOC1-like基因与梅花和桃SOC1基因密码子使用偏好性相似且同源关系较近；密码子碱基成分及相关性分析表明，PsSOC1-like密码子偏好性主要受突变压力影响；密码子使用频率分析表明，模式生物中拟南芥和烟草适合作为遗传转化受体，酵母菌表达系统适合作为PsSOC1-like异源表达载体。本研究初步探明了PsSOC1-like基因密码子的使用规律，为后续PsSOC1-like基因功能研究奠定理论基础，并为西伯利亚杏遗传转化体系构建提供参考。

• 单位
  内蒙古农业大学; 中国林业科学研究院