食管鳞癌差异表达基因鉴定及亚洲人食管鳞癌预后lncRNA功能分析

作者：李雨濛; 马佳康; 任凯凯; 侯明宇; 蔺小艳; 刘宗文; 马军^*; 袁翎

来源：胃肠病学和肝病学杂志, 2019, 28(05): 532-537.

• ESCC
• ceRNA网络
• 生存分析
• GO及KEGG
• PPI

目的用生物信息学方法分析食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)组织中转录组差异表达RNA,筛选和预测特异lncRNA的功能。方法通过TCGA数据库筛选ESCC差异表达基因并构建相关ceRNA网络,在GEO中对差异lncRNA进行验证,并对筛选出的差异lncRNA进行生存分析。利用GO、KEGG和蛋白互作网络进一步分析与预后相关lncRNA的功能。结果通过TCGA数据库共筛选出差异表达mRNA 2 064个,lncRNA 1 160个,miRNA 69个,并成功构建了lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。GEO、TCGA共有差异表达lncRNA 26个,其中AC009264.1、PGM5-AS1及LINC00460与亚洲人ESCC患者生存相关。GO、KEGG、PPI分析表明这3个预后相关lncRNA可能参与ESCC的形成与进展。结论通过分析ESCC转录组测序数据,发现一批预后相关lncRNA,有望为ESCC的治疗和预后预测提供新的靶点与分子标志物。

• 单位
  消化疾病研究所; 郑州大学; 河南省肿瘤医院; 郑州大学第二附属医院