新政府会计制度给高校会计核算带来了巨大变化,也使内部控制环境、内容和手段更加丰富和全面,促进内部控制目标的实现。但目前高校的内部控制建设并没有随着政府会计制度的实施而及时更新和完善,未将两者有效融合、协调推进。内部控制的完善离不开政府会计制度的实施。没有内部控制的保障,政府会计制度也很难得到全面应用。高校应以政府会计制度实施为契机,提升思想认识及加强队伍建设,打造集成化的信息化系统,与内部控制建设有机融合,以内部控制体系来保障政府会计制度的顺利实施。