北京地区2007-2008年G9型A组人轮状病毒VP7和VP4基因分析

作者：董慧瑾; 钱渊; 张又; 赵林清; 朱汝南; 陈冬梅; 刘立颖

来源：中华流行病学杂志, 2009, (11): 1179-1183.

• G9型轮状病毒
• 基因型
• 序列分析

目的了解北京地区2007-2008年检测到的G9型A组人轮状病毒外壳蛋白VP7和VP4的基因特征。方法选取经过轮状病毒核酸杂交方法检测为G9型轮状病毒的12份儿童腹泻患儿的粪便标本,应用针对VP7全长基因的特异引物对进行RT-PCR扩增,对所获得的VP7全长基因进行克隆和测序,将所获得的序列与GenBank中的G9型原型病毒株和近期流行株的VP7基因进行序列和种系进化分析;经巢式PCR对G9型的VP4进行P基因分型。结果12株G9型轮状病毒经VP7基因的序列比较分析得到确认。P基因分型结果显示北京地区近年来存在G9P[8]和G9P[6]型两种组合的轮状病毒感染。序列和种系进化分析发现北京G9型株VP7基因与世界范围内近期流行的G9型株一样都属于进化分支Ⅲ,彼此间的核苷酸和氨基酸同源性较高,而与国内最早报道的G9型T203进化关系较远,且北京G9P[8]和G9P[6]型株分别与国内近期报道的新疆G9P[8]和G9P[6]型株及相应的武汉G9型株VP7基因,在氨基酸位点上存在一些共同的氨基酸残基取代。结论北京地区近年存在G9P[8]和G9P[6]两种不同基因组合的G9型轮状病毒感染,需要进一步加强对G9型轮状病毒的分子流行病学监测。

• 单位
  中心实验室; 首都儿科研究所