本发明公开了一株耐抗生素的六价铬还原菌及其应用,属于环境污染物生物处理技术领域。本发明耐抗生素的六价铬还原菌为保藏编号为CCTCC#NO:M#2017018的赖氨酸芽孢杆菌WUST#Cr1(Lysinibacillus#sp.WUST#Cr1)。本发明菌株能将水中和土壤中的六价铬通过酶促反应还原成低毒的三价铬,其对六价铬的还原速度较快,耐受浓度高,且耐抗生素,可用于铬污染治理,与炭混合治理铬污染效果更好。本发明菌株在废水和重金属污染土壤的生物修复中具有良好的应用前景。