棉花是纺织工业的主要原材料，昌吉州土地状况适宜种植棉花，棉花品质较好，2021年度棉花年度种植面积达221万亩，是全疆棉花主产区之一。棉花也是昌吉州的主要经济作物，棉花种植业的发展，同广大农民的经济收入和纺织等行业大量人员的就业问题密切相关。昌吉州呼图壁棉花仪器化公证检验实验室作为第一批国家试点实验室，每年承担昌吉州辖区棉花的检验工作，检验数据能够充分反映昌吉州棉花年度质量状况。
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