随着我国经济的快速发展,为了鼓励各行各业对科技的投入,国家也逐渐加大了对科技发展专项资金的投入。为了监督财政科技资金的合理配置和合理使用,各地针对于各领域涉及科技资金的项目开展了绩效评价,由于我国在开展绩效审计方面的理论研究方面起步较晚,尚未形成系统的理论体系。所以审计时无统一的审计体系及指导意见。本文主要概述了会计师事务所在科技发展专项资金审计中所存在的问题,提出了相应的审计对策,为审计人员对政府科技发展专项资金审计时提供参考。