一种基于因子图的推断攻击阶段最大似然估计方法及系统,方法包括以下步骤:从APT数据集中提取攻击事件-攻击阶段的二元序列;基于攻击事件-攻击阶段的二元序列进行训练,得到相关参数,生成概率转移矩阵;接收攻击链并构建对应的因子图,将攻击链的攻击阶段转化为因子图的节点和因子函数;通过对因子图进行处理,得到攻击链所对应攻击阶段序列的最大似然估计。系统包括序列提取模块、概率转移矩阵生成模块、因子图构建模块及攻击阶段推断模块。本发明具有准确率高、计算速度快以及可扩展性强的优点。