植原体感染前后毛泡桐叶绿体全基因组测序分析

作者：林丹; 李冰冰; 曹喜兵; 赵振利; 邓敏捷; 范国强^*

来源：河南农业大学学报, 2019, 53(04): 537-573.

DOI：10.16445/j.cnki.1000-2340.2019.04.007

• 毛泡桐
• 高通量测序
• 叶绿体基因组
• 简单重复序列

以毛泡桐(Paulownia tomentosa)病苗(Pto)和健康苗(Pto I)为试验材料,利用高通量测序技术对染病前后毛泡桐的叶绿体全基因组进行测序,分析比较基因组结构。研究结果表明,毛泡桐病苗和健康苗的叶绿体基因组由反向重复区(IRs)、长单拷贝序列区(LSC)和短单拷贝序列区(SSC)等部分组成。其中,叶绿体基因组全长分别为154 700 bp (Pto)和154 646 bp (Pto I),IRs的长度为25 779 bp,LSC和SSC长度分别为85 356、17 786bp (Pto)和85 356、17 732 bp (Pto I)。生物信息学分析表明,在Pto中共搜索到简单重复位点(SSR) 64个,单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸和五核苷酸的数量分别为49、5、2、7、1个; Pto I中共有64个SSR位点,单核苷酸个数为49个,并未发现六核苷酸。大多数位点都富含A-T,具有碱基偏好性。

• 单位
  河南农业大学