虽然《刑事诉讼法》等既有立法、司法规定也涉及有组织犯罪案件的刑事程序问题,但是专门性、系统性不足。《反有组织犯罪法》中的刑事程序规则不仅继承了既有规范,而且创新、完善了不少具体规则,在实践中应准确予以理解、适用。在刑事强制措施与刑罚层面,应注重特殊羁押与执行规则、减刑与假释规则的适用。在财产处置层面,应注重财产查询与紧急措施规则、合法财产处置规则、涉案财产审查和处置规则的适用。在特殊人员保护层面,应注重前置保护规则、证人保护规则、参照保护规则的适用。