《四库总目》著录图书有四十四种书名中加了“别本”二字，其含义包括同名异书、同书异本两大层面。同名异书“别本”命名的情况包括受内容制约、命名者有意为之或伪书；同书异本的区分标准为内容多寡与版本优劣，或兼及二者，亦有质量相当而仅区分重复者。“正本”“别本”与《四库》抄存并非对应的关系，还有同为抄录书、同为存目书的现象，或虽抄存有别但无关优劣。
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