肺纤维化circRNA及miRNA芯片数据挖掘及生物信息学分析

作者：刘艳萍; 雷媛娣; 蔡颖; 袁小燕; 王烨; 孙站兵; 邓伟华; 张朝晖^*

来源：生命的化学, 2020, 40(10): 1850-1860.

DOI：10.13488/j.smhx.20200144

• 肺纤维化
• circRNA
• miRNA
• 生物信息学

肺纤维化是一种进展的致死性呼吸系统疾病,预后较差且缺乏特效的治疗方法。研究发现,环状RNA(circular RNA, circRNA)和微小RNA(micro RNA, miRNA)作为内源性非编码RNA分子可参与多种生物学过程,在肺纤维化的发生发展中起重要作用。本研究利用基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)、GEO2R工具筛选肺纤维化相关的差异表达circRNA及miRNA,使用circularRNA Interactom预测与差异表达circRNA结合的miRNA,用TargetScan、miRDB及miRWalk预测miRNA靶基因,并用DAVID对靶基因进行GO分析和KEGG功能分析,用STRING对靶基因进行蛋白质相互作用预测。结果显示,共筛选出肺纤维化相关的差异表达的circRNA、miRNA分别有18个和21个,预测了与差异表达的circRNA相互作用的miRNA及mRNA,并构建了circRNA-miRNA-mRNA相互作用网络图。DAVID基因功能富集分析发现,circRNA可能通过AMPK信号通路参与肺纤维化过程。构建蛋白质相互作用网络图发现它的10个关键节点。研究结果旨在为circRNA及miRNA在肺纤维化中的发病机制研究提供参考,为肺纤维化治疗拓宽思路。

• 单位
  公共卫生学院; 南华大学