鹅掌楸全基因组调查

作者：钟永达; 张新; 李彦强; 刘立盘; 余发新

来源：分子植物育种, 2017, 15(02): 507-512.

DOI：10.13271/j.mpb.015.000507

• 鹅掌楸
• 基因组测序
• 杂合率
• 重复序列

鹅掌楸属树种是珍稀的第三纪孑遗树种,也是优良用材兼园林绿化树种。但其分子生物学研究进展缓慢,全基因组的破译成为鹅掌楸属树种分子生物学研究深入开展的关键。本研究基于Illumina测序平台首次对鹅掌楸基因组的大小进行测定,通过生物信息学方法对其重复序列情况和杂合率等基本信息进行了预估,并进行了初步组装。主要结果如下:(1)鹅掌楸全基因组大小预估为1.57 Gb;(2)鹅掌楸基因组的杂合率和重复序列比例分别为0.93%和58.58%;(3)鹅掌楸属于高重复高杂合基因组,建议后续可以采用二代+三代(Illumina+Pac Bio)测序技术相结合的策略,辅以Hi-C技术以及相应的拼接软件,有利于鹅掌楸高质量全基因组图谱的获得。

• 单位
  江西省科学院生物资源研究所; 江西省观赏植物遗传育种重点实验室; 南京市林业站