农产品现代流通体系庞大复杂、涉及面很广,包含的流通主体和市场载体多,且流通主体之间存在着竞争与合作关系。运行机制是引导和制约流通体系中各流通主体经济行为的基本准则及相关制度。为保障农产品现代流通体系稳定、顺畅和高效运行,应建立健全包括市场准入机制、信息机制、利益协调机制和风险预警机制等运行机制。