胡子鲇(Clarias fuscus)雌雄基因组Survey分析

作者：林星桦; 周大颜; 沈奕君; 吴冠佐; 吴冠佑; 陈宇; 张玉蕾; 肖珊; 邓思平; 李广丽; 田昌绪^*

来源：基因组学与应用生物学, 2023, 42(06): 610-619.

DOI：10.13417/j.gab.042.000610

• 胡子鲇
• 基因组Survey
• 基因组组装
• 简单重复序列
• 基因组比较

胡子鲇(Clarias fuscus)是我国华南地区大规模养殖的淡水鱼类。为评估胡子鲇雌雄基因组基本信息，以便为后续构建全基因组精细图谱提供基础，本研究分别选取雌雄胡子鲇进行全基因组Survey分析。根据定长核苷酸串(K-mer)分析，雌鱼和雄鱼基因组大小分别为949.69 Mb和957.96 Mb。雌鱼和雄鱼的杂合率分别为0.27%和0.23%。雌鱼和雄鱼重复序列比例分别为33.83%和33.62%。雌鱼和雄鱼基因组的G+C含量分别为39.98%和39.14%。雌鱼和雄鱼基因组组装的大小分别为926.78 Mb和992.08 Mb,雌鱼和雄鱼组装基因组N50长度分别为3 082 bp和2 810 bp。简单重复序列(simple sequence repeats, SSR)筛选结果显示，雌鱼和雄鱼的基因组中分别检测到1 295 490条和1 184 183条SSR序列。通过比较基因组分析，鉴定出8 445条雌性特异性序列和110 743条雄性特异性序列，这些性别特异性序列分别被注释到460个(雌鱼)和822个(雄鱼)基因。本研究为胡子鲇全基因组的后续构建提供了理论依据，并为后续分子育种研究提供了有价值的数据。

• 单位
  广东海洋大学; 广西宏泰水产良种场; 广西壮族自治区水产引育种中心