利用Samtools挖掘山羊生产繁殖相关Indels标记

作者：薛蕾; 赵永聚; 管代禄; 张继攀; 徐恢仲^*

来源：中国兽医学报, 2019, 39(02): 349-356.

DOI：10.16303/j.cnki.1005-4545.2019.02.27

• 山羊
• 重测序
• 全基因组
• 插入/缺失(Indel)
• Samtools

随着研究的深入,从最初认为单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是导致遗传和表型多样性的主要原因,逐渐意识到插入/缺失(insertion/deletion,Indel)的普遍存在,并且与山羊生产繁殖性状密切相关。随着山羊参考基因组序列的公布及测序成本的降低,为大规模开发山羊Indels标记提供了可能。本研究就12个山羊个体(大足黑山羊,DBG,n=6;内蒙古绒山羊,IMCG,n=6)全基因组重测序结果,利用Samtools筛选群体间的差异In-dels。结果表明,12个山羊个体获得192.747GB基因组数据,平均每个个体检测到高质量的Indels位点为334 151个;比较基因组获得2个群体特有的Indels分别为110和100个,注释基因38和30个。其中大足黑山群体特有su-fu、sycp2位点和内蒙古绒山羊群体特有kdm4c位点可能是山羊生长繁殖相关候选Indel标记,为进一步精细解析山羊生产繁殖性状遗传机理奠定基础。

• 单位
  西南大学; 动物科技学院