本文以政府会计改革为背景,以预算管理体系分析为切入点,分析基层医疗事业单位CJ医院的预算管理组织架构、预算编制及绩效考核情况。研究发现,CJ医院的预算管理体系存在预算管理组织架构层级过于简化、预算编制方法不具科学性以及绩效考核形存实无等诸多问题。CJ医院作为屡获荣誉的一级甲等基层公立医院,在同层级医疗卫生单位中具有代表性,其存在的问题也是层级医疗卫生单位普遍存在的问题。本文基于管理会计角度提出了改善预算管理体系的一些建议。