日本荚蒾转录组SSR位点分析及多态性SSR标记开发

作者：柳娟; 岳春雷; 朱弘^*; 李贺鹏; 李海波^*

来源：分子植物育种, 2022, 20(21): 7183-7192.

DOI：10.13271/j.mpb.020.007183

• 日本荚蒾
• 转录组SSR
• 位点分析
• 标记开发

基于极小种群日本荚蒾的转录组测序数据对SSR位点进行检索，分析该物种SSR位点的分布特征，并进一步开发出49个有效的SSR标记，在12份材料中，19个标记显示出多态性，这些标记可以用于后续的遗传学研究。SSR位点分析结果显示，在11 244条Unigene上共检测到16 059个SSR位点，SSR位点的出现频率为20.72%，平均每3 800 bp出现一个SSR位点。在SSR所有重复类型中，以二核苷酸重复位点数量最多，共12 065个(75.13%)，五核苷酸重复位点数则最少。SSR重复基元类型丰富，共计282种，优势基序分别是AG/CT、AAG/CTT、AAAT/ATTT、AAAAT/ATTTT和AGAGGG/CCCTCT。不同重复位点的长度分布范围较广，介于8～84 bp，其中以12～18 bp为主，共包含9 684个SSR位点(60.30%)。SSR标记的多态性分析结果显示，70对SSR引物中，有49对SSR引物扩增出条带，其中19对SSR引物在12份材料中显示出多态性，共扩增出52个等位基因，多态信息含量(PIC)的平均值为0.36。本研究明确了极小种群日本荚蒾SSR位点分布特征，开发出的多态性SSR标记可用于日本荚蒾的遗传多样和居群结构研究，为该珍稀濒危物种制定保护策略。

• 单位
  浙江农林大学; 浙江省林业科学研究院