本申请提供了一种无人机编队协同目标分配的矩阵博弈方法及系统。本申请建立零和矩阵博弈模型,并通过求解模型的混合策略纳什均衡解来解决考虑无人机占位的无人机编队协同目标分配问题,具体地,首先确定对抗双方可能的占位策略,之后对抗双方基于双方无人机的占位策略决策己方每个无人机所对抗的目标,从而使己方协同目标分配时的期望优势值尽可能的大,期望劣势尽可能的小。即本申请能够为对抗中的某一方确定最有优势的博弈策略,解决了现有技术中的缺陷。