致血流与腹腔共同感染大肠埃希菌表型和基因型特征分析

作者：宫天野; 郭玲; 叶坤; 赵强; 叶丽艳; 马艳宁; 王丽凤; 杨继勇^*

来源：中华医学杂志, 2023, 103(13).

• 血流感染
• 腹腔感染
• 大肠埃希菌
• 高通量测序
• 多位点序列分型
• 横断面研究

目的分析致血流与腹腔共同感染大肠埃希菌(CoECO)的表型和基因型特征, 为经验性抗感染治疗提供线索。方法回顾性分析2010至2020年解放军总医院第一医学中心检验科自血液和腹腔标本中分离出的大肠埃希菌菌株。使用质谱鉴定仪鉴定菌种。使用全自动细菌鉴定药敏仪测定最小抑菌浓度。采用2×150 bp双末端测序策略对大肠埃希菌进行高通量测序。基因组序列经拼接后, 使用kSNP3软件对菌株序列进行单核苷酸多态性(SNP)分析, 以明确菌株间的同源关系;若分离自两部位的菌株具有较高同源关系, 视为同一菌株, 则该病例为CoECO感染病例。使用PubMLST网站确定多位点序列型(MLST), 使用CARD网站筛选耐药基因。结果共筛选出70例CoECO感染病例, 其中男45例, 女25例, 年龄(59.2±16.3)岁。每例CoECO感染病例选取1株大肠埃希菌进行后续分析, 共计70株, 分属于35种ST型, 菌株数量较多的ST型包括:ST38(n=6)、ST405(n=6)、ST1193(n=6)、ST131(n=5), 其他ST型所含菌株均少于5株。菌株间同源关系比较分散, 整体呈现散发趋势, 仅有个别菌株引起了小规模爆发。药敏结果显示:大肠埃希菌对氨苄西林的耐药率最高(91.4%, 64/70), 其次为氨苄西林/舒巴坦(74.3%, 52/70)、头孢曲松(72.9%, 51/70)、环丙沙星(71.4%, 50/70)、左氧氟沙星(71.4%, 50/70);对哌拉西林/他唑巴坦、碳青霉烯类和阿米卡星保持较高敏感性。耐药基因携带数量最多的是tet(A/B)(70.0%, 49/70), 其次分别为blaTEM(58.6%, 41/70)、sul1(55.7%, 40/70)、sul2(54.3%, 38/70)、blaCTX-M-14(25.7%, 18/70)、blaCTX-M-15(17.1%, 13/70)、blaCTX-M-55(15.7%, 11/70)、blaCTX-M-64/65(5.7%, 4/70)、blaCTX-M-27(4.3%, 3/70)、mcr-1(4.3%, 3/70)、blaNDM-5(2.9%, 2/70)。结论 CoECO整体呈散发分布, 无明显优势克隆, 未发现具有明显优势的基因型;菌株虽然对部分抗菌药物耐药率较高, 但携带耐药基因比例较低, 对部分一线抗菌药物有较高敏感性。

• 单位
  解放军总医院