2017年中国部分地区白斑综合征病毒高变异区的序列分析

作者：刘晓娉; 孙新颖; 刘庆慧^*; 万晓媛; 黄倢

来源：海洋渔业, 2019, 41(03): 329-337.

DOI：10.13233/j.cnki.mar.fish.2019.03.008

• WSSV
• ORF14/15
• ORF23/24
• ORF75
• ORF94
• ORF125
• 序列分析

白斑综合征病毒(WSSV)自暴发以来给全球范围内的对虾养殖产业带来了巨大的损失。为了解我国凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)养殖区WSSV的流行变异情况,选取2017年中国部分地区的42个WSSV阳性样本,对ORF14/15、ORF23/24、ORF75、ORF94和ORF125共5个可变区进行PCR特异性扩增,分析其序列的缺失变异和重复单元(Ru)中单核苷酸多态性的变化。研究结果显示,在ORF14/15的扩增中共出现4种缺失片段; ORF23/24只出现11 945 bp的缺失片段; ORF75扩增中,总RUs数目为3、4、9,其中45 bp的RUs在12、27、80位点发生多核苷酸多态性; ORF94的RUs数目为6,其各重复单元在48位发生单核苷酸多态性; ORF125的RUs数目为4、6、7不等,其各重复单元分别在20、27、50、53、61位发生碱基突变。研究结果表明,2017年样本中,WSSV在中国大部分地区均出现一定程度的缺失变异,其中部分可变区表现出缺失情况的稳定性,某些可变区的重复单元数目及SNP表现出地区的差异性以及不稳定性。

• 单位
  上海海洋大学; 中国水产科学研究院黄海水产研究所; 济南大学; 农业部