慢性自发性荨麻疹发病机制的生物信息学研究

作者：贾秀娟; 乌日娜; 萨琦拉; 王百灵; 贺希格图; 特格喜白音; 郭靖雪; 齐宝鹏; 木其日^*

来源：中国麻风皮肤病杂志, 2022, 38(06): 359-364.

• 荨麻疹
• 发病机制
• 生物信息学
• 差异表达基因

目的:利用生物信息学技术筛选慢性自发性荨麻疹(CSU)的关键差异表达基因，为研究CSU的生物学机制与治疗靶点提供新的思路。方法:从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库下载GSE72541数据集，使用R语言limma包筛选CSU组与健康对照组间的差异表达基因，并通过clusterProfiler R包、STRING在线软件、Cytoscape3.8.2软件的MCODE插件分别对差异表达基因的功能、通路富集与蛋白相互作用进行分析。结果:研究发现CSU组与健康对照组共有86个差异表达基因，其中上调基因64个，下调基因22个(|logFC|>1&P.Val<0.05),GO分析显示，差异表达基因主要富集在血小板活化、血液凝固、中性粒细胞脱颗粒等生物过程；KEGG分析显示，主要与造血细胞系、移植物抗宿主病、金黄色葡萄球菌等相关。此外，建立的PPI网络筛选出62个节点及15个关键基因(CXCL10, MMP9, SELP, MME, ITGA2B, ITGB3, CLU, GP6, C5AR1, C6orf25, GP1BB, VWF, CR1, GP9, PLAU)。结论:ITGB3,ITGA2B,MMP9及CR1等基因可能与CSU的发病密切相关。

• 单位
  内蒙古国际蒙医医院; 内蒙古医科大学