针对国内集装箱码头规划设计在组织结构优化方案比选方面缺乏科学定量评价工具的现状,运用结构熵理论和系统科学的思想,提出集装箱码头物流系统组织结构有序度的概念,并建立集装箱码头物流系统组织结构有序度评价模型.应用该评价模型分析比较不同组织结构设计方案的优劣,结果验证了评价模型的有效性,且适宜推广至其他类型码头应用.