基于转录组测序的中华鳖SSR和SNP特征分析及性别标记筛选

作者：雷骆; 祝骏贤; 陈辰; 王亚坤; 刘晓莉; 洪孝友; 于凌云; 魏成清; 李伟^*; 朱新平^*

来源：广东海洋大学学报, 2023, 43(01): 25-32.

DOI：10.3969/j.issn.1673-9159.2023.01.004

• 中华鳖
• 转录组
• SSR
• SNP
• 性别相关标记

【目的】挖掘更多中华鳖（Pelodiscus sinensis）性别分子标记，为中华鳖保护、繁育以及遗传多样性的分子机制等研究提供基础。【方法】基于中华鳖转录组测序数据，利用MISA和GATK挖掘中华鳖转录本中SSR和SNP位点信息，开发与中华鳖性别紧密相关的SNP标记。【结果和结论】共组装获得341 632条Unigenes，识别到14 804个SSR位点，含有SSR位点的Unigenes序列数量为13 904条，占总序列的4.1%。中华鳖转录组中SSR位点类型较为丰富，共识别到6种不同核苷酸重复类型，单核苷酸串联重复基元类型的含量最多（10 981个），占总位点数的74.18%。SSR位点以重复11～15次为主（6 173个），占总位点数的41.70%。转录组SSR的片段长度大部分集中在10～14 bp，占SSR总数的50.01%。搜索到32 299个SNP位点，SNP的分布密度为1/1 339 bp。SNP变异类型以转换类型为主，转换类型占70.05%，颠换类型占29.95%。SNP测序深度统计发现，在31～100范围内，SNP数目最多，占43.68%。初步筛选并鉴定出位于Ptpn11基因上与性别紧密关联的SNP位点（29 144 910），为中华鳖性别分子标记提供候选基因和标记。

• 单位
  中国水产科学研究院珠江水产研究所; 南京农业大学