猪GSKIP基因ceRNA调控网络及其蛋白互作分析

作者：代红梅; 刘志朋; 张霞; 杨忠; 曾日彬; 王配; 常勇诚; 霍金龙^*

来源：福建农林大学学报（自然科学版）, 2022, 51(05): 654-661.

DOI：10.13323/j.cnki.j.fafu(nat.sci.).2022.05.011

• 猪
• GSKIP
• 功能注释
• 竞争性内源RNA
• 调控网络
• 蛋白互作

利用RT-PCR技术从版纳微型猪近交系睾丸组织中扩增出GSKIP全长编码序列并分析其分子特征，对GSKIP基因进行功能注释，分析其与非编码RNA(miRNA和lnRNA)间的调控关系，并构建ceRNA转录调控网络，进一步分析GSKIP蛋白的基本功能，构建多物种进化树和相互作用蛋白网络.通过RT-PCR获得了BMI GSKIP CDS区全长420 bp,该基因含4个外显子；基因功能分析表明，GSKIP主要参与Wnt信号通路；基因靶向作用分析表明，猪GSKIP受ssc-miR-181c、ssc-miR-181b、ssc-miR-181a、ssc-miR-335和miR-644-5p等5个miRNA的靶向调控；蛋白质结构分析表明，GSKIP包含1个DUF727结构域，α螺旋在二级结构中占比最高；多物种进化分析表明，BMI GSKIP氨基酸序列在哺乳动物中较为保守，与绵羊和牛的亲缘关系最为接近；蛋白互作网络分析表明，BMI GSKIP与10个蛋白存在相互作用.

• 单位
  云南农业大学; 吕梁学院; 云南生物制药有限公司