肺炎链球菌stkp基因及其编码蛋白质的生物信息学分析

作者：张少妮; 黄燕颖; 楼正青^*

来源：中国病原生物学杂志, 2020, 15(03): 259-264.

DOI：10.13350/j.cjpb.200303

• 肺炎链球菌
• 丝氨酸/苏氨酸激酶
• 生物信息学分析

目的预测和分析肺炎链球菌stkp基因序列及其编码蛋白的理化性质。方法从NCBI数据库获取stkP基因信息;应用EXPASYP、TMHMM、Net Phos、Signal、Conserved Domains在线软件预测stkP基因编码蛋白质的理化性质、跨膜区、信号肽、磷酸化位点和结构域;利用PBIL-GERLAND在线软件分析蛋白二级结构;采用Swiss-Model同源建模方法建立蛋白三级结构模型;应用String软件预测可与StkP蛋白发生相互作用的蛋白质。结果 StkP蛋白质是由659个氨基酸组成的无信号肽、有跨膜结构的不稳定亲水蛋白质,等电点为8.45;可能存在丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸等磷酸化位点;结构域由胞外区、跨膜区和胞内区构成,其中胞外区包含4个PASTA (penicillin-binding protein and Ser/Thr kinase-associated)domains;二级结构包括24个α螺旋和13个β折叠片层;StkP主要定位于细胞核,自身蛋白质主要参与β-内酰胺类抗生素相互作用。结论 StkP蛋白为亲水蛋白,可为蛋白的克隆表达、其抗原性研究和表位疫苗的研发提供参考。

• 单位
  杭州市中医院; 杭州市红十字会医院