本发明提供一种中日词语自动对齐方法、系统、存储介质和电子设备,涉及语言翻译处理技术领域。本发明中,省略计算子词对齐过程,计算二次切分获取的第二子词序列中,任意中文子词和日语子词的上下文表示向量之间的语义相似度,构建子词相似度矩阵;根据子词相似度矩阵,获取任意一对双语词之间的词对齐分数,确定原始平行语料的对齐关系。直接从子词相似度矩阵计算出双语之间的词对齐分数,更充分地利用子词相似度矩阵所包含的信息,得到更精准和健壮的词对齐结果。