张琪教授擅长治疗内科疑难杂症,尤其擅治肾病,其认为慢性肾功能衰竭多为湿浊邪毒贮留所致,治疗应从泄下立论;IgA肾病为脾肾虚损,运化失职,水湿停滞,湿热毒邪入侵所致,治疗强调补脾益肾,同时兼顾止血、化瘀、凉血、补血;劳淋为本虚标实,肾虚为本,虚实夹杂,在治疗时应注意扶正固本,根据气血阴阳耗伤的不同而辨证论治。