自组装二十烷二羰基二-L-谷氨酸纳米管的分子模拟

作者：程杰; 刘波; 杨小震

来源：计算机与应用化学, 2005, (01): 1-4.

DOI：10.16866/j.com.app.chem2005.01.001

• 分子模拟
• 分子力学
• 分子动力学
• 构象搜索
• 自组装
• 纳米管 molecular modeling
• molecular mechanics
• molecular dynamics
• conformer searching
• self-assemble
• nanotube

为了洞察自组装二十烷二羰基二-L-谷氨酸(Eicosanedioyl-di-L-glutamic acid)EDGA球形螺旋纳米管微观结构,我们在大型计算机工作站SGI3800上,利用CERIUS2分子模拟软件,进行了计算机分子模拟。首先,根据EDGA分子在纳米管壁中的受力情况,确定了相当于二维周期边界条件的三维周期边界模型,由分子动力学构象搜索法寻找低能量的分子构象,进而运用分子力学、分子动力学交替进行的退火算法对EDGA单层膜聚集体进行模拟计算;结果得到分子两端基谷氨酸的构象不同的最低能量的分子构象,和螺旋与弯曲两种趋势同时存在的EDGA单层膜聚集体。模拟结果可以合理地描述自组装二十烷二羰...

• 单位
  哈尔滨理工大学; 中国科学院化学研究所; 高分子物理与化学国家重点实验室