急性髓系白血病患者预后不良相关基因的多组学分析

作者：陈熙勐; 张皓旻; 杨波; 卢学春^*; 贺培凤^*

来源：中国实验血液学杂志, 2019, 27(02): 331-338.

DOI：10.19746/j.cnki.issn1009-2137.2019.02.004

• 急性髓系白血病
• 多组学分析方法
• 生物信息学

目的:利用GEO数据库和TCGA数据库的数据,通过多组学分析方法分析与急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)发生、发展及不良预后相关的分子标志物。方法:从GEO数据库下载符合要求的转录组数据,运用R语言Limma程序包进行差异表达基因的筛选,并对差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,同时使用STRING数据库数据,利用Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络,筛选出hub gene,结合TCGA数据库附带的临床信息对hub gene进行预后分析。结果:共筛选出620个差异基因,上调的差异表达基因162个,下调的差异表达基因458个。综合GO功能富集、KEGG通路富集分析及蛋白相互作用网络结果,筛选出CXCL4、CXCR4、CXCR1、CXCR2、CCL5、JUN为hub gene。生存分析显示,CXCL4、CXCR1、CCL5高表达是患者预后不良的危险因素。结论:CXCL4、CXCR1、CCL5可以作为AML发生、发展的相关生物标志物,且与不良预后相关,这可以为进一步研究提供依据。

• 单位
  解放军总医院; 山西医科大学