基于生物信息学分析宫颈癌关键基因及预后相关生物标志物

作者：鲁伟^*; 姚轶敏; 陈平; 陈婷婷

来源：浙江中西医结合杂志, 2021, 31(12): 1105-1110.

• 宫颈鳞状细胞癌
• 生物信息学
• 抗沉默功能蛋白1B

目的从公共数据库筛选并探讨宫颈鳞状细胞癌的关键致病基因。方法从GEO数据库GSE122697、GSE89657里下载宫颈组织表达谱芯片数据。利用R软件和韦恩图查找数据集的差异表达基因(DEGs)交集,进行GO和KEGG通路富集分析。利用STRING数据库构建了DEGs的蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPIs)并导入Cytoscape软件进一步分析,通过CytoHubba插件和MCC算法筛选出DEGs。利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库对已初步筛选的DEGs进行验证及生存曲线分析,并进一步筛选与宫颈癌总生存率相关的DEGs进行ROC分析,获得关键基因。结果宫颈鳞状细胞癌差异基因56个,其中15个上调和41个下调。GO及KEGG分析结果显示,这些mRNA主要参与细胞核分裂、细胞外基质代谢调控等生物学进程;主要富集于细胞周期、减数分裂、PI3K-Akt信号通路、ECM受体相互作用通路等。通过PPI网络中筛选出18个核心基因,并在TCGA数据集中得以验证,生存曲线分析的结果表明18个差异基因中的ASF1B基因对宫颈癌患者生存预后具有显著影响[HR=0.437(0.272～0.704),P<0.01],ROC分析的结果表明其对宫颈癌患者具有很好的诊断价值(AUC=0.998)。结论本研究通过综合生物信息学分析,有望为宫颈癌诊断和预后提供可靠的分子生物标志物和治疗靶点。

• 单位
  浙江中医药大学