星毛唐松草叶绿体基因组的测序及其密码子偏好性分析

作者：侯哲; 娄晓鸣; 李昂; 黄长兵^*

来源：西南林业大学学报, 2023, 43(05): 47-56.

• 星毛唐松草
• 叶绿体基因组
• 密码子偏好性
• 最优密码子

通过全基因组重测序数据对星毛唐松草的叶绿体基因组进行组装，并对其密码子偏好性进行分析。结果表明：星毛唐松草的叶绿体基因组全长为155 969 bp，具有非常典型的四分体结构；密码子偏好性分析表明，筛选的48条基因序列中，GC1、GC2、GC3的平均含量分别为47.97,39.99,30.07，表现出显著的差异；有效密码子数(ENC)与GC1和GC2的相关性不显著，而与GC3显著相关；中性绘图分析表明GC3与GC12的相关性显著，且密码子的偏好性受自然选择的影响；ENC-plot及ENC比值频数分布结果表明，大多数基因的ENC值低于预期值，仅有10个基因受到突变的影响，其他基因则主要受到自然选择的影响；同义密码子相对使用度(RSCU)分析表明，18个最优密码子均以A和U结尾。该研究为星毛唐松草叶绿体基因工程的开展奠定了基础，为其遗传多样性、遗传结构及群体遗传学的研究提供了参考信息。

• 单位
  苏州农业职业技术学院