类风湿关节炎基因表达谱芯片的生物信息学分析

作者：袁文华; 解琪琪; 刘正; 沈伟; 冯晓飞; 周海宇^*

来源：中国免疫学杂志, 2020, 36(24): 3003-3009.

• 类风湿关节炎
• 分子机制
• 差异表达基因
• 基因芯片
• 生物信息学

目的:探讨类风湿关节炎(RA)基因表达和生物学过程的改变,为RA分子机制的进一步研究提供生物信息学依据。方法:从GEO数据库下载已构建的RA患者滑膜样本的mRNA表达谱芯片数据集,应用生物信息学方法筛选差异表达基因(DEGs),并利用DAVID数据库对DEGs进行基因本体论(GO)及通路富集分析(KEGG),然后通过STRING数据库、Cytoscape及其插件cytoHubba、NetworkAnalyzer分析蛋白质互作网络的中心节点蛋白质,寻找关键(Hub)基因。结果:通过对GSE1919、GSE55235、GSE55457 3个数据集整合取交集获得了58个DEGs;DEGs主要涉及免疫应答、趋化因子介导的信号通路、炎症反应及细胞表面受体信号通路等生物过程,介导趋化因子活性、抗原结合、免疫球蛋白受体结合等分子过程,主要富集于质膜外区域;KEGG分析结果显示DEGs主要富集于细胞因子-细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路和Toll样受体信号通路等经典信号通路;筛选得到CCR2、CCR5、CCL5、PTPRC、CXCL9等10个Hub基因。结论:通过生物信息学方法分析所得Hub基因及信号通路可能是RA潜在的治疗靶点,本文为RA发病机制的进一步研究提供了理论依据。

• 单位
  兰州大学第二医院