基于多重PCR靶向二代测序的近交系小鼠遗传质量监测方法建立

作者：钱强; 徐园; 王亚恒; 周宇荀; 肖君华; 韩琳; 鲍世民; 李凯^*

来源：实验动物与比较医学, 2019, 39(02): 111-117.

• 多重PCR
• 单核苷酸多态性(SNP)
• 近交系小鼠
• 靶向二代测序
• 遗传质量监测

目的建立基于多重PCR靶向二代测序的小鼠遗传质量监测方案。方法从小鼠单核苷酸多态性(SNP)数据库筛选出相对均匀分布在20条染色体上的112个SNP位点,然后对SNP位点附近片段进行多重PCR扩增,建库后进行Illumina高通量测序,对原始测序数据进行生物信息学分析获得SNP信息。结果测序结果显示,多重PCR的扩增子均一性好,各片段成功率高达90%以上,特异性高,高深度测序条件下, SNP位点的等位基因比例趋近于1或0,符合纯合子条件;分析4批近交系小鼠样本,表明SNP位点成功鉴定的比例分别为99.82%, 92.00%, 99.10%和90.35%,且所有小鼠品系个体的SNP位点均为纯合,并被成功确定为目标品系;品系间两两比较,最大差异数为73个,最小差异数为3个,差异位点平均数为53个,差异中位数为60个,显示出本方案对常见近交系小鼠品系分辨率较高。结论多重PCR靶向二代测序方案的SNP分型方案是一种准确、快速、高效的基因分型方案,可用于遗传质量检测和品系鉴定。

• 单位
  东华大学; 中国科学院上海生命科学院; 上海市第十人民医院; 生物工程学院