全基因组预测哈茨木霉的效应子

作者：罗梅; 陈欣瑜; 董章勇

来源：西南农业学报, 2020, 33(09): 1964-1968.

DOI：10.16213/j.cnki.scjas.2020.9.013

• 哈茨木霉
• 全基因组
• 效应子
• 生物信息学

【目的】通过采用高通量技术筛选哈茨木霉菌株的效应子。【方法】根据哈茨木霉CBS 226.95菌株全基因组14 065个蛋白序列信息,利用SignalP、TMHMM、TargetP和Protcomp等生物信息学软件和预测程序进行分泌蛋白预测。【结果】分析得到709个蛋白,占总蛋白的5.04%。再对709个分泌蛋白与胞外酶数据库进行比对分析、半胱氨酸含量、multiple tandem repeats分析,筛选获得<300个氨基酸的小分子蛋白作为候选效应蛋白。共获得24个蛋白,其中有3个是碳水化合物结合模块家族蛋白,其余21个为假定蛋白。【结论】本研究利用生物信息学方法从哈茨木霉基因组中预测出候选效应子,为进一步研究效应子在拮抗真菌与病原真菌及植物间的互作关系奠定了基础。

• 单位
  仲恺农业工程学院