儿童肾上腺皮质癌表达谱时序分析用于筛选相关靶点的研究

作者：韩媛媛; 李笑各; 王书焕; 刘戈力^*

来源：天津医药, 2018, 46(09): 916-1034.

• 肾上腺皮质肿瘤
• 基因表达调控,肿瘤
• 肿瘤标记,生物学
• GEO
• 生存分析

目的探讨肾上腺皮质癌(ACT)潜在致病机制,并筛选出可能作为相关生物靶标的基因。方法从基因表达数据库Gene Expression Omnibus(GEO)中选取儿童ACT相关RNA芯片数据集(GSE75415),利用R语言的相关函数包对其中的18个ACT组织样本(实验组)以及7个正常肾上腺皮质组织样本(对照组)中的m RNA表达数据进行预处理差异表达分析,对ACT各分级(stage14)的差异表达基因(DEGs)和重合差异基因(OLDEGs),采用功能富集分析(GO功能富集和KEGG通路),并筛选出中心基因。同时对TCGA数据库包括79个ACT样本的二代测序数据进行分析,筛选出对ACT患者生存时间有影响的基因。结果 Stage14分别有248、334、315和561个基因发生了差异表达,各分级样本组间存在73个重合基因(OLDEGs),中心基因HSPA13、GARS、STXBP1、AKIRIN1、TUBB3在各分级中均表达上调,中心基因ADH1B、DCN、RASSF2、PDGFRA、PLAT、C3、FOS在各分级中均表达下调,它们通过影响免疫反应、细胞周期、磷酸化、凝血及相应的信号通路,对ACT的发生与发展发挥作用。另外,OLDEGs在79个TCGA数据库ACT样本生存期分析发现,基因XPO1、RACGAP1、PDGFD、NR4A2、MXRA5、VPS51、TMED3、NDFIP1和CDKN1C与ACT的生存期密切相关。结论在各级中均差异表达的基因和生存期相关基因可以作为ACT治疗的新靶点,这将有助于进一步理解肾上腺皮质癌的病因和预后治疗。

• 单位
  天津医科大学总医院; 天津市滨海新区汉沽中医医院; 天津医科大学