为促进我国自然资源保护与生态文明建设,党的十八届三中全会明确提出要开展自然资源资产审计。河长制是保护与治理水资源环境而提出的一种特有的制度,同时也是自然资源资产审计的重要组成部分。文章探讨了河长制水资源审计内容、审计方法与审计指标,以期为完善自然资源资产审计体系以及健全河长制工作有所裨益。