基于KEGG通路和基因网络对肝纤维化靶点基因的筛选

作者：郑洋; 刘露露; 王佳慧; 傅品悦; 赵铁建^*

来源：辽宁中医杂志, 2019, 46(07): 1345-1566.

DOI：10.13192/j.issn.1000-1719.2019.07.001

• 肝纤维化
• KEGG通路
• 基因网络
• 靶点基因

目的:运用DAVID数据库得到通路和基因的相关信息,分析出重要基因的功能和分布,筛选出与肝纤维化(hepatic fibrosis,HF)相关的靶点基因,促进对HF发病机制的研究以及新药的开发。方法:用hepatic fibrosis为关键词在NCBI数据库中检索HF的相关基因,将得到的基因数据导入DAVID数据库,得到基因富集的通路数据。95个非冗余基因富集在16条KEGG通路进行了分析,将95个基因输入String数据库做相互作用的网络图,将富集在通路上的关键基因也做网络图,并且将这两个网络图进行比较。结果:在两张网络图中IL6、TGFB1、TNF、IL10、NFKB1、TLR4都是处于度排名靠前的基因。结论:IL6、TGFB1、TNF、IL10、NFKB1、TLR4需要我们进一步的去深入研究,通过分析与疾病相关基因的所在通路和基因之间互作的网络图,有利于我们了解疾病的发病机制,并为新药研发提供可靠的靶点。

• 单位
  基础医学院; 广西中医药大学; 广西中医药大学赛恩斯新医药学院