氨基酸非键作用指数用于HLA-A*0201限制性CTL表位定量预测研究

作者：张梦军; 周鹏; 李声时; 肖正华; 邓金

来源：免疫学杂志, 2007, (04): 440-444+448.

DOI：10.13431/j.cnki.immunol.j.20070120

• SSX-1
• SSX-4
• 氨基酸非键作用指数
• HLA-A*0201
• CTL表位
• 定量构效关系 SSX-1
• Three dimensional amino acid index of nonbonding interaction
• CTL epitope
• Quantitative structure activity relationship

目的预测SSX-1和SSX-4抗原HLA-A*0201限制性表位。方法从分子的三维空间结构出发,基于静电、立体、疏水这三类与生物活性直接相关的非键作用方式,经主成分分析技术(PCA)得到了一种新的分子结构表达方法——氨基酸非键作用指数。利用该指数结合偏最小二乘(PLS)算法对152个HLA-A*0201限制性CTL表位进行了定量构效关系(QSAR)建模,再使用该模型对SSX-1和SSX-4抗原HLA-A*0201限制性表位进行预测。结果预测出8个活性值大于7的九肽表位。结论通过对SSX-1和SSX-4抗原HLA-A*0201限制性表位的预测,从而为SSX-1和SSX-4抗原HLA-A*0201...

• 单位
  化学生物传感与计量学国家重点实验室; 湖南大学; 化学化工学院; 第三军医大学