科研之友
微信
新浪微博
Facebook
分享链接
摘要
目的筛选消化系统肿瘤患者围术期神经认知障碍(PND)潜在致病基因。方法采用生物信息学分析方法技术分析肿瘤基因组图谱数据库中食管癌、胃癌、结肠癌、直肠癌和肝癌的基因表达数据, 筛选上述疾病样本中肿瘤组织相对于癌旁正常组织的差异表达基因, 并通过与人类分泌蛋白组基因比对, 获得消化系统肿瘤中表达趋势一致的分泌蛋白组差异基因。通过与GeneCards数据库对比, 确定上述差异基因与PND致病的相关性程度;通过PPI网络构建和计算, 筛选核心基因;通过GO和KEGG富集分析, 明确上述差异基因的功能和所在信号通路。结果与癌旁组织相比, 食管癌组织中2 640个基因表达上调, 1 423个基因表达下调;胃癌组织中3 748个基因表达上调, 908个基因表达下调;结肠癌组织中2 684个基因表达上调, 2 678个基因表达下调;直肠癌组织中2 876个基因表达上调, 2 945个基因表达下调;肝癌组织中1 484个基因表达上调, 723个基因表达下调;其中, 53种分泌蛋白的编码基因在上述肿瘤中一致上调, 20种分泌蛋白的编码基因在上述肿瘤中一致下调;20个上调基因和3个下调基因与PND相关。PPI网络分析表明, MMP9等是核心基因;GO和KEGG分析结果提示, 差异表达基因主要与受体-配体活性、细胞因子活性和趋化因子活性相关, 主要富集于与细胞周期、细胞老化等相关的信号通路。结论消化系统肿瘤中差异表达的基因中约有23个与PND潜在相关, 其中MMP9等可能是核心基因, 主要作用于受体-配体结合、细胞因子和趋化因子活性调节过程和细胞周期/细胞老化等相关信号通路。
-
单位山西医科大学第三医院
