利用目标基因测序技术发现马方综合征FBN1新突变

作者：郭俊; 蔡伦; 李小燕; 王绿娅; 杜杰

来源：心肺血管病杂志, 2014, 33(04): 596-603.

DOI：10.3969/j.issn.1007-5062.2014.04.032

• 马方综合征
• 原纤维蛋白-1
• 目标基因捕获
• 第二代测序

目的:建立目标基因捕获结合第二代测序技术,对马方综合征(Marfan syndrome,MFS)患者的原纤维蛋白-1(fibrillin-1,FBN1)基因进行突变筛查,探讨MFS与FBN1基因突变的关系。方法:提取5例MFS患者外周血全基因组DNA,利用GenCap目标基因捕获技术(北京迈基诺公司),设计FBN1的65个外显子区域特异性捕获探针,与基因组DNA文库进行杂交,将目标基因组区域的DNA片段进行富集后,再利用illumina hiseq2000第二代测序仪进行测序,通过数据分析,确定突变位点,用Sanger测序法对突变位点进行验证。结果:设计合成的目标基因特异性捕获探针可有效地捕捉并富集基因组DNA的目标靶片段。5例患者目标区域平均测序深度为173.85280.73,97.10%98.00%目标区域>4×覆盖度。经过数据分析及Sanger测序验证,发现1个新的无义突变c.5968 C>T(p.Gln1990X)。结论:本研究所建立的GenCap目标基因捕获技术结合illumina hiseq2000第二代测序技术成功的发现了FBN1的新突变。该方法快速而有效,可以使我们对MFS分子病因学有更好的认识。

• 单位
  首都医科大学附属北京安贞医院; 北京市心肺血管疾病研究所